Мaрсaлис рoдился в Нoвoм Oрлeaнe, гдe с дeтствa выучился игрaть снaчaлa нa сaксoфoнe, a пoтoм и нa фoртeпиaнo. В 1950-1960-x oн выxoдил нa сцену со многими известными джазовыми артистами, такими, как Ал Хирт, Эддерли Кэннонболл, Эд Блэквелл, Нэт Аддерли. На его счету было более 20 выпущенных студийных пластинок, а также совместные записи с Эдди Харрисом, Дэвидом «Fathead» Ньюманом, Кортни Пайн и другими.

В 70-е годы Эллис активно занялся педагогической деятельностью. Он давал уроки музыки и читал лекции по истории афроамериканской культуры в Университете Ксавье в Цинциннати, а после того, как получил степень магистра, был приглашен на работу в Новоорлеанский центр креативных искусств.

В 80-е он проходил стажировку в Университете Содружества Вирджинии, после чего вернулся на родину – в Новый Орлеан, где создал свою особую программу обучения студентов в Университете. Она была запущена в 1989 году. У него учились такие музыканты, как Теренс Бланчард, Гарри Конник-младший, Чарли Деннард, Ирвин Мэйфилд, Марлон Джордан, Джесс Дэвис, а также трое из его шести сыновей – Уинтон, Дейльфеайо и Брэнфорд, впоследствии они стали заслуженными артистами в джазе. В 2001 году Эллис ушел на пенсию и лишь иногда давал частные уроки.

Мэр города ЛаТойи Кантрелл сделал официальное заявление в связи с кончиной музыканта: «Эллис Марсалис был легендой. Он стал прообразом того, что мы имеем в виду, когда говорим о джазе в Новом Орлеане». Новоорлеанский джаз – это имя нарицательное во всем мире. Учитывая, что само по себе это место стало смешением самых разных колоритов и культур, вся это пестрота и мультистилистическая палитра отразилась и в музыке.